Στον Οργανισμό λειτουργεί αυτοτελές Δικαστικό Γραφείο του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους. Το Δικαστικό Γραφείο του έχει τις αρμοδιότητες που απορρέουν από Οργανισμό του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους και λειτουργεί σύμφωνα με τα οριζόμενα σε αυτόν. Χειρίζεται όλες τις δικαστικές υποθέσεις του Οργανισμού, τον εκπροσωπεί ενώπιον των δικαστηρίων της χώρας (κυρίως ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας) και παρέχει γνωμοδοτήσεις επί ερωτημάτων που τίθενται από τα αρμόδια διοικητικά όργανα του Δ.Ο.Α.Τ.Α.Π.