Η Διεύθυνση Διοικητικής Υποστήριξης είναι υπεύθυνη για το διοικητικό και οικονομικό έργο του Οργανισμού και αποτελείται από τα εξής τμήματα:
- το Τμήμα Ανθρώπινου Δυναμικού: ο Οργανισμός στελεχώνεται από δύο κατηγορίες υπαλλήλων: α) τους διοικητικούς υπαλλήλους και γ) τους αποσπασμένους εκπαιδευτικούς της Α/θμιας και Β/θμιας Εκπαίδευσης.
- το Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης, Προϋπολογισμού, Προμηθειών και Δαπανών, το οποίο είναι υπεύθυνο για όλες τις οικονομικές δραστηριότητες του οργανισμού και διενεργεί τις διαδικασίες πρωτοκόλλησης και διεκπεραίωσης εισερχομένων και εξερχομένων εγγράφων. Επίσης, επιλαμβάνεται της μέριμνας του τομέα της μηχανοργάνωσης (hardware), καθώς και της στέγασης, φύλαξης και καθαριότητας του οργανισμού.